Haciendo busqueda por google "conectar dos arduino" salen una seria de maneras, via inalambrica y sobre todo por cable por BUS I2C y alguna opción más, pero todas mas complejas que la opción que planteo.
Como muchas veces, lo más facil y evidente era lo mejor, simplemente la he conectado al puerto USB del ordenador y las gestiono independientemente.
El problema lo tenia en que no podia abrir el IRQSerial de Arduino de manera independiente para cada placa, ya digo que es una chorrada, pero a mi me complicó la vida, asi que lo dejo por aqui por si a alguien le resulta util en un momento dado.
1. Primero conectamos nuestra segunda placa Arduino Mega al puerto USB del ordenador.
2. En este caso tenemos ya una Arduino Mega programada y funcionando, de modo que cuando abres el software de Arduino te sale la pantalla que sale en segundo plano con los codigos de cada orden que tenemos programada en ella.

Lo que hacemos ahora es abrir la pestaña de "Archivo" y pulsar "Nuevo", nos saldrá la pantalla que tenemos superpuesta en la imagen y ahi en ¨Herramientas" pinchamos en Puerto: y elegimos la nueva Arduino, en mi caso la nueva irá en COM3.
3. A partir de ese momento tendremos ya otra ventana identica a nuestra ventana primera de nuestra primera Arduino, pero totalmente limpia y lista para completar.
En esta imagen con tan solo un linea de codigo que acabo de ponerle.

Cerramos y guardamos y listo.
4. Cuando queramos volver a entrar abriremos primero el Software de Arduino con lo que abrirá la ventana de la primera tarjeta, y una vez abierta en "Archivo", "Abrir" nos abrirá este menú :

Ahi abrimos el icono de IRQSerial y listo, tendremos la pantalla de la segunda Arduino abierta para completarla.
5. Como último paso, simplemente abrimos en el DCS-BIOS el Dashboard conectamos (en este caso el COM3) el COM que corresponda, y ya tendremos nuestras dos Arduino Mega funcionando.

Recordad, que es aconsejable siempre desconectar antes de meter nuevas lineas de codigo, una vez terminado volvemos a conectar en el Dashboard.
S!